Entre os trechos de cargas recebidas da paisagem - principalmente humana - e os grandes ambientes receptores, ocorre internamente a dinâmica de transformação e transferência, onde se desenvolvem as assembléias de seres vivos, das bactérias até os organismos superiores associados das margens, passando por fungos, algas e protozoários, mais uma gama imensa de outros seres vivos, limitados a condições estreitas de sobrevivência, dependente das propriedades da água e das demais substâncias nela dissolvidas ou suspensas.
      Um rio, qualquer rio, é sempre e necessariamente um contínuo das nascentes até a foz de um rio maior ou do oceano, em que os processos também ocorrem como um contínuo funcional. Esse contínuo não é tão homogêneo como se pode imaginar à primeira vista, mas uma seqüência de aspectos ligados à geomorfologia, ao clima regional e à biota.
       Na visão ecossistêmica, um rio é uma unidade espacial e funcional, muito aberta, portanto, tendo como limite a bacia hidrográfica. Se esse é o limite, torna-se óbvio que as massas de água que fluem através da calha de drenagem são conseqüência dos processos superficiais e sub-superficiais das terras adjacentes. De forma simplificada pode-se afirmar que um rio recebe sempre os produtos da drenagem na paisagem, transforma parte desses materiais e transfere tudo aquilo que não "conseguiu" transformar.

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